我海巡人員因驅離越界的大陸籍快艇導致船員死亡，引發兩岸、國際間關注，基於人道主義，我方除妥爲死者善後多次協商，也將生還者儘速遣返，然是否執法過當已成爲雙方爭執之焦點。現立法院排定「金門撞船案：翻船執法過程及後續處理」專案報告，但海委會主委管碧玲認爲必也正名乎爲「取締大陸籍快艇事故案」，於是又激起高金素梅委員批判管主委，將書面報告自行更改名稱的做法前所未見，傲慢無比。
回顧過往，我方執行登檢驅離，從未發生人員死亡案例，然此刻正面臨號稱「務實的臺獨工作者」的賴總統即將上任之際，故兩岸各界可謂是以放大鏡甚至顯微鏡來檢驗本案。依法論法，若只是單純的取締三無船舶（無船名、無船舶證書、無船籍港登記）的海上執法意外事件，請問海巡艇與陸方船究竟有無或如何碰撞？取締過程若無任何蒐證，我方海巡如何說服對方？船舶碰撞責任歸屬的刑事證據，考驗金門地檢署的專業與智慧。而其民事責任也必須參酌船舶航行相關安全規範，以及過去的海事裁判。
依海岸巡防法第四條，海巡機關人員執行職務時，得行使下列職權，但不得逾越必要程度：其中第一項第四款對航行海域內之船舶，根據船舶外觀、國籍旗幟、航行態樣、乘載人員及其他異常舉動，有正當理由，認有違法之虞時，得命船舶或其他運輸工具停止航行、回航，其抗不遵照者，得以武力令其配合。但武力之行使，以阻止繼續行駛爲目的。第一項第五款對航行海域內之船舶，如有損害我海域利益及危害海域秩序行爲或影響安全之虞者，得進行緊追、登臨、檢查、驅離；必要時得予逮捕、扣押或留置。
又《海岸巡防機關海域執法作業規範》第九條海巡人員執行職務，隨時以照相、錄音、錄影或其他蒐證方式，保全相關事證，以爲移送主管機關查處之依據。第十條也提及遇反抗，必要時，應與被檢船舶保持距離以雷達監控，同時全程錄影照相存證，並依規定通報反應。由於本案爲進入我禁止水域，依第卅九條規定，可強制驅離；可疑者，命令停船檢查。驅離無效、涉及走私或從事非法漁業行爲者，或有塗抹或隱蔽船名、無船名、拒絕停船受檢、從事漁撈或其他違法行爲者，得扣留其船舶、物品及留置其人員。
換言之，本案海巡人員對三無船舶採驅離、登船檢查甚至扣船皆於法有據，只是未落實保全相關事證之作爲，以至於難以昭信大衆。
兩岸高層若能借此案，落實二○○九年「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」，相互尊重對方治權，讓此一不幸個案迅速翻頁，共同維護兩岸交流秩序方爲正辦。